微生物實驗室凈化車間在GMP檢查中的2802條項中明確規定：生物檢定、微生物限度檢定和放射性同位素檢定等應分室進行，條項解釋中提到“無菌室和微生物限度室不可公用更衣室及緩沖間，防止污染無菌室”。公用更衣室及緩沖間勢必會污染無菌室，微生物限度室的樣品是含菌的，污染無菌室后產品可能出現假陽性的結果，具有抑菌性，污染無菌室后產品可能出現假陰性的結果，這樣根本無法保證無菌檢查結果的真實性，也無法就出現的超標結果進行調查，無菌檢查也就失去了意義。

    微生物實驗室凈化車間中無菌檢查室、微生物限度室、微生物檢定、陽性對照實驗室因送回風系統設置不合理無法調整壓差，有的藥廠不同實驗室的回風共用一道“夾墻”，會造成實驗室之間的交叉污染。對于要求無菌的環境(如無菌檢查室、微生物限度檢查室)應該保持相對正壓，防止有菌區空氣進入發生污染。對于污染源(如陽性對照室、微生物檢定室)應該保持相對負壓，防止污染物質的擴散對實驗結果和人員造成影響。